Μια “κυψέλη” καινοτομίας για τις βιοεπιστήμες στη Θεσσαλονίκη
Διαβάζεται σε 9'
Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ επιδίδεται σε βασική και εφαρμοσμένη έρευνα και παρέχει εξειδικευμένες καινοτόμες υπηρεσίες βασισμένες στη βιοανάλυση σε όλες τις επικράτειες της ζωής, από τις μικροβιακές κοινότητες έως τα φυτά και τα ζώα, τα τρόφιμα και τον άνθρωπο.
- 23 Δεκεμβρίου 2024 11:21
Σε μοχλό βιώσιμης ανάπτυξης αναδεικνύεται το Ινστιτούτο Εφαρμοσμένων Βιοεπιστημών του Εθνικού Κέντρου Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης (ΙΝΕΒ/ΕΚΕΤΑ), που ήδη “κλείνει” το 2024 έχοντας σε διαχείριση έναν προϋπολογισμό έργων της τάξης των 65 εκατ. ευρώ, εκ των οποίων, μόλις τα 5 εκατ. είναι από την κρατική χρηματοδότηση. Ουσιαστικά, με την προσπάθεια των 156 άτομων σε προσωπικό το[ 11 Ερευνητές – 4 Μόνιμο Προσωπικό – Επιστημονικό Προσωπικό (Phds, MSc, Βοηθοί έρευνας)], το ΙΝΕΒ διασφαλίζει συμμετοχή σε δεκάδες ανταγωνιστικά προγράμματα, αναδεικνύοντας τη Θεσσαλονίκη σε κέντρο καινοτομίας.
Να σημειωθεί ότι Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ επιδίδεται σε βασική και εφαρμοσμένη έρευνα και παρέχει εξειδικευμένες καινοτόμες υπηρεσίες βασισμένες στη βιοανάλυση σε όλες τις επικράτειες της ζωής, από τις μικροβιακές κοινότητες έως τα φυτά και τα ζώα, τα τρόφιμα και τον άνθρωπο.
Για την υλοποίηση των επιστημονικών στόχων του και την επιτυχή εκπόνηση των δραστηριοτήτων του, το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ αξιοποιεί πολλές τεχνολογικές και μεθοδολογικές προσεγγίσεις, όπως: (i) γονιδιωματική ανάλυση, (ii) στοχευμένη NGS αλληλούχηση (targeted NGS sequencing), (iii) μεταγονιδιωματική και (iv) πρωτεομική ανάλυση, μεταξύ άλλων, με κοινό χαρακτηριστικό την παραγωγή βιοδεδομένων μεγάλου όγκου.
Οι δραστηριότητες του Ινστιτούτου διεξάγονται στα πλαίσια των υψηλότερων προδιαγραφών ποιότητας και με διαπίστευση κατά:
- ISO 15189 για μοριακή γενετική ανάλυση
- ISO 27001 για παραγωγή, διαχείριση και ανάλυση βιοδεδομένων μεγάλου όγκου
- ISO 22301 για διασφάλιση επαγγελματικής συνέχειας (business continuity)
Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ συνεργάζεται με καθιερωμένες Ευρωπαϊκές e-υποδομές, π.χ. EGI, EUDAT και RDA. Επίσης, είναι μέλος των ευρωπαϊκών υποδομών Κλινικής Έρευνας ECRIN[1] και Βιοτραπεζών BBMRI-ERIC[2] και άλλων σημαντικών συνεργατικών ερευνητικών δικτύων (π.χ. Euroclonality-NGS[3]), έχοντας έτσι τη δυνατότητα να διατηρεί την ανταγωνιστικότητά του στο συνεχώς μεταβαλλόμενο περιβάλλον των ερευνητικών προκλήσεων αλλά επίσης και να αλληλεπιδρά με σημαντικούς φορείς και ερευνητές και, έτσι, να συμβάλει στη διαμόρφωση μελλοντικών πολιτικών.
Επίσης, ο ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ έχει εκπονήσει ευρύ φάσμα εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων καθώς συμμετέχει σε διάφορα εθνικά και ευρωπαϊκά προγράμματα εκπαίδευσης και κατάρτισης (π.χ. Leonardo Da Vinci, Marie Sklodowska-Curie) και φιλοξενεί προπτυχιακούς φοιτητές από Ελληνικά ακαδημαϊκά ιδρύματα.
Οι ερευνητές του ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ επιβλέπουν μεταπτυχιακούς φοιτητές και συμμετέχουν ως εκπαιδευτές και διδάσκοντες σε μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών ακαδημαϊκών ιδρυμάτων από την Ελλάδα και το εξωτερικό.
Τέλος, το ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ έχει τακτικό εκπαιδευτικό πρόγραμμα, το οποίο περιλαμβάνει σεμινάρια, journal clubs, workshops, ενώ επίσης διοργανώνει εκπαιδευτικές εκδηλώσεις για εξειδικευμένο (επιστημονικό) και γενικό κοινό (δράσεις διάχυσης της γνώσης).
Υγεία
Να σημειωθεί, ότι μεταξύ άλλων, το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ εκπροσωπεί την Ελλάδα στην Ευρωπαϊκή Υποδομή Κλινικής Έρευνας ECRIN-ERIC ενώ έχει αναλάβει το συντονισμό του Εθνικού Δικτύου Κλινικής Έρευνας GRECRIN, όπου ηηγείται των εκπαιδευτικών πρωτοβουλιών του GRECRIN, της διασύνδεσης του δικτύου με την κοινωνία μέσω ειδικών εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων και πρωτοβουλιών ενδυνάμωσης των ασθενών αλλά και της διασύνδεσης με τη φαρμακοβιομηχανία. Επίσης, είναι υπεύθυνο για την επικοινωνία με την ευρωπαϊκή υποδομή ECRIN.
Εθνικό Δίκτυο Ιατρικής Ακριβείας στην Ογκολογία
Μάλιστα, το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ διετέλεσε συντονιστής φορέας στην πιλοτική φάση λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Ιατρικής Ακριβείας στην Ογκολογία (2018-2021)[4]. Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ στο πλαίσιο του ΕΔΙΑΟ εκπόνησε τις εξής δραστηριότητες:
- παροχή εξειδικευμένων διαγνωστικών υπηρεσιών που βασίζονται σε τεχνολογίες ανασυνδυασμένου DNA, ιδίως -ομικές προσεγγίσεις
- ανάδειξη νέων βιοδεικτών μέσω συνδυαστικής προσέγγισης βασισμένης στην ενοποίηση νέων βιομοριακών δεδομένων με δεδομένα πραγματικής κλινικής πρακτικής (real world evidence, RWE).
Από το 2019 έως σήμερα, το ΙΝΕΒ | ΕΚΕΤΑ έχει εκπονήσει δωρεάν διαγνωστικές υπηρεσίες με προηγμένες τεχνολογίες ανάλυσης του DNA για πάνω από 4000 ασθενείς με καρκίνο.
Εθνικό Δίκτυο Ιατρικής Ακριβείας στην Καρδιολογία και στην Πρόληψη του Νεανικού Αιφνίδιου Θανάτου
Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ είναι βασικός εταίρος στο Εθνικό Δίκτυο Ιατρικής Ακρίβειας στην καρδιολογία και στην πρόληψη του νεανικού αιφνίδιου θανάτου[5], το οποίο συστάθηκε το 2019 από την ΓΓΕΚ ως σύμπραξη κορυφαίων ακαδημαϊκών ιδρυμάτων, ερευνητικών κέντρων και νοσοκομείων.
Το ΙΝΕΒ |ΕΚΕΤΑ συνδράμει σε όλες τις δραστηριότητες του Δικτύου, από τη γενετική ανάλυση έως τη δημιουργία πρότυπης Βιοτράπεζας και Εθνικής Τράπεζας Πληροφοριών για τα κληρονομικά νοσήματα της καρδιάς και το νεανικό αιφνίδιο θάνατο.
Εθνική Εμβληματική Δράση για τον Κορωνοϊό
Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ είναι βασικός εταίρος στην εθνική Εμβληματική Δράση για τον Κορωνοϊό[6], ένα δίκτυο ερευνητικών φορέων και ογκολογικών κλινικών που εποπτεύεται από τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Καινοτομίας (ΓΓΕΚ) του Υπουργείου Ανάπτυξης και Επενδύσεων.
Στα πλαίσια της Εμβληματικής Δράσης, το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ ανέπτυξε επιτυχώς, σε συνεργασία με το ΕΚΠΑ, εγχώριο πρωτόκολλο RQ-PCR για την μοριακή ταυτοποίηση του ιού και εξειδικευμένες βιοπληροφορικές ροές εργασίας, ενώ επίσης ανέλυσε το πλήρες γονιδίωμα χιλιάδων στελεχών του ιού SARS‑CoV‑2, στο πλαίσιο συνεργασίας και παροχής υπηρεσιών στον Εθνικό Οργανισμό Δημόσιας Υγείας.
Μελέτες αλληλούχησης ευρείας κλίμακας
Οι τρέχουσες ομικές μελέτες και παρεμφερείς υπολογιστικές προσεγγίσεις συμπεριλαμβάνουν:
- Ανοσογενετικές αναλύσεις: μελέτη του ανοσοποιητικού συστήματος στον καρκίνο
- Ενοποιημένη μελέτη των αιματολογικών κακοηθειών
- Στοχευμένη ανάλυση για βελτιωμένη διαστρωμάτωση κινδύνου στον καρκίνο
- Μοριακή ανάλυση ιών του ανθρώπου
Οι συγκεκριμένες μελέτες συμπληρώνονται από ενδελεχή χαρακτηρισμό τόσο σε γενετικό επίπεδο (επικυρωμένα πρωτόκολλα gene editing μέσω του συστήματος CRISPR/Cas9, RNA interference και της προσέγγισης Sleeping Beauty Transposon) όσο και σε κυτταρικό και βιοχημικό επίπεδο.
Ανίχνευση βιοδεικτών
Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ δραστηριοποιείται σε πρωτοβουλίες που αποσκοπούν στην εναρμόνιση τεχνικών μοριακής διαγνωστικής μέσω εκπαίδευσης, προτυποποίησης διαδικασιών και δημοσίευσης κατευθυντήριων οδηγιών. Απώτερη επιδίωξη είναι να αναβαθμιστεί η ιατρική μέριμνα και να αυξηθεί η διαθεσιμότητα αξιόπιστων εξετάσεων. Σε αυτό το πλαίσιο, το ΙΝΕΒ| ΕΚΕΤΑ: επέβλεψε τη διατύπωση των διεθνών κατευθυντήριων οδηγιών για τον καθορισμό της των βιοδεικτών στα λεμφώματα[7], συμμετέχει στην αξιολόγηση της κλινικής σημασίας μεταλλάξεων στα λεμφώματα[8] και αναπτύσσει εργαλεία βιοπληροφορικής ανάλυσης για ελεύθερη χρήση (free software) στο κλινικό διαγνωστικό περιβάλλον.[9]
Συλλογή και φύλαξη βιολογικού υλικού (biobanking)
Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ είναι ενεργός κόμβος του BBMRI-ERIC (Biobanking and BioMolecular resources Research Infrastructure – European Research Infrastructure Consortium)[10]. Σε αυτό το πλαίσιο απασχολείται με τη συλλογή, επεξεργασία και αποθήκευση πρωτογενούς βιολογικού υλικού (δείγματα ασθενών), σύμφωνα με τις πιο συστηρές ποιοτικές προδιαγραφές.
Κλινική έρευνα στον καρκίνο
Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ έχει αναπτύξει προτυποποιημένα συστήματα για τη συλλογή, τη διαχείριση και την ανάλυση δεδομένων από συνθήκες πραγματικής κλινικής πρακτικήςστα πλαίσια μεγάλων ευρωπαϊκών (ERICLL db)[11] και εθνικών δικτύων. Επισημαίνεται ιδιαίτερα το γεγονός ότι συντονίζει την πρωτοβουλία IMGT/CLL-DB[12], ένα κοινό εγχείρημα των φορέων IMGT και ERIC, μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, το οποίο επικεντρώνεται στη μοριακή επιδημιολογία των λεμφικών κακοηθειών και περιέχει δεδομένα από >75,000 ασθενείς 48 κλινικών κέντρων από την Ευρώπη και τις ΗΠΑ.
Εργαστήριο Ηλεκτρονικής Υγείας
Μητρώο ασθενών με χρόνια αναπνευστικά νοσήματα και χρήση αναπνευστικών συσκευών στο σπίτι
Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ έχει αναπτύξει και υποστηρίζει ενεργά το Εθνικό Μητρώο ασθενών με χρόνια αναπνευστικά νοσήματα και χρήση αναπνευστικών συσκευών στο σπίτι. Το μητρώο αυτό υποστηρίζεται από μια διαδικτυακή πλατφόρμα καταγραφής του κλινικού προφίλ των αντίστοιχων ασθενών, με τρόπο που εξασφαλίζει την ιδιωτικότητα και την ασφάλεια των αντίστοιχων δεδομένων. Στο αντίστοιχο δίκτυο των κλινικών εταίρων συμμετέχουν 18 κλινικές/εργαστήρια από όλη την χώρα με αποτέλεσμα την καταγραφή δεδομένων από 4000+ ασθενείς.
Καινοτόμες υπολογιστικές μέθοδοι και εργαλεία για φαρμακολογική έρευνα
Το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ έχει σημαντική τεχνογνωσία στο χώρο της εφαρμογής υπολογιστικών μεθόδων και επεξεργασίας πληροφοριών στον τομέα της ασφάλειας φαρμάκων (πχ φαρμακοεπαγρύπνηση) αλλά και στην φαρμακολογία γενικότερα. Ενδεικτικά αναφέρονται τα εξής:
- πληροφοριακά συστήματα που υποστηρίζουν την “ενεργό” φαρμακοεπαγρύπνηση, τα οποία αξιοποιούν μη συμβατικές πηγές δεδομένων π.χ. συστήματα Ηλεκτρονικού Φακέλου Ασθενούς, βιβλιογραφικές βάσεις δεδομένων και πλατφόρμες μέσων κοινωνικής δικτύωσης.
- συστήματα και επιμέρους υπηρεσίες υποστήριξης λήψης απόφασης (Decision Support Systems) για την αποτροπή ανεπιθύμητων ενεργειών φαρμάκων και αλληλεπιδράσεων φαρμάκων στο κλινικό περιβάλλον αλλά και πέρα από αυτό
- καινοτόμα μοντέλα αναπαράστασης σχετικής πληροφορίας που υποστηρίζουν αυτοματοποιημένο συμπερασμό και την εφαρμογή «ευφυών» προσεγγίσεων (δεδομένα φαρμακοεπαγρύπνησης, προσεγγίσεις systems pharmacology κλπ.).
Σε αυτά τα πλαίσια το ΙΝΕΒ|ΕΚΕΤΑ έχει αναπτύξει σημαντική ερευνητική δραστηριότητα και συνέργειες σε εθνικό και διεθνές επίπεδο[13]-17. Ενδεικτικά, αναφέρεται η σταθερή συνεργασία με το εργαστήριο LIMICS[14] (INSERM/Sorbonne University, Παρίσι, Γαλλία) σε θέματα ιατρικής πληροφορικής με επίκεντρο την ασφάλεια φαρμάκων.
@ Εργαστήριο Ψυχολογίας Υγείας
Τοποθετώντας τον ασθενή στο επίκεντρο, το ΙΝΕΒ| ΕΚΕΤΑ διερευνά το πεδίο των χρόνιων ασθενειών και ειδικότερα την εμπειρία της ασθένειας και τη συμμόρφωση με τη θεραπεία. Με γνώμονα την ολιστική προσέγγιση στη θεραπεία, αναπτύσσει παρεμβάσεις υποστηρικτικής φροντίδας με στόχο τη βελτίωση της ποιότητας ζωής και άλλων εκβάσεων υγείας. Τέλος, υλοποιεί δράσεις ενδυνάμωσης τόσο ασθενών όσο και επαγγελματιών υγείας μέσω εκπαίδευσης σε αυτο-διαχείριση και επιμόρφωση σε θέματα επικοινωνίας.
Στο πλαίσιο αυτών των δραστηριοτήτων, απαιτείται διεπιστημονική προσέγγιση συνεργατών από το χώρο της ψυχολογίας υγείας, της ιατρικής καθώς και ηλεκτρονικής υγείας με εφαρμογές μέχρι στιγμής στα πεδία της Χρόνιας Λεμφοκυταρρικής Λευχαιμίας, του HIV, καθώς και Νευρολογικών και Αναπνευστικών Νοσημάτων. Οι παραπάνω δραστηριότητες έχουν προσελκύσει σημαντικές χρηματοδοτήσεις από την Ευρωπαϊκή Ένωση[15] και διεθνείς ερευνητικούς φορείς (π.χ. ERIC), ενώσεις ασθενών και εταίρους της Ελληνικής και παγκόσμιας βιομηχανίας.
References:
[2] https://directory.bbmri-eric.eu/#/collection/bbmri-eric:ID:GR_clINABdb:collection:all_samples
[3] https://euroclonalityngs.org/usr/pub/pub.php
[5] https://icardiacnet.gr/description/
[6] https://greecevscorona.gr/
[7] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29467486
[8] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27582569
[9] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26249808,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29036643
[11] http://www.ericll.org/ongoing-projects/
[12] http://www.imgt.org/CLLDBInterface/query
